Temeljem članka 13. Zakona o izmjenama Zakona o obnovi ugrožene spomeničke cjeline Dubrovnika (NN 19/14) Zavodom upravlja Upravno vijeće Zavoda. Upravno vijeće Zavoda čine predsjednik i šest članova. Predsjednika i dva člana Upravnog vijeća imenuje i razrješava gradonačelnik Grada Dubrovnika, dva člana imenuje i razrješava Vlada Republike Hrvatske, te po jednog člana župan Dubrovačko –neretvanske županije i zaposlenici Zavoda za obnovu Dubrovnika.

Članovi Upravnog vijeća su:

1. Marijeta Hladilo, predsjednica Upravnog vijeća, predstavnica Grada Dubrovnika

2. Davor Trupković, predstavnik Vlade RH

3. Nikša Konjevod, predstavnik Vlade RH

4. Zrinka Raguž, predstavnica Grada Dubrovnika

5. Ana Hilje, predstavnica Grada Dubrovnika

6. Darko Knežević, predstavnik Dubrovačko neretvanske županije

7. Irena Hrdalo, predstavnica Zavoda za obnovu Dubrovnika

Djelokrug i ovlasti Upravnog vijeća Zavoda definirani su Zakonom o ustanovama i Statutom Zavoda, a način rada reguliran je Poslovnikom o radu Upravnog vijeća.